В конце августа 1911 года император Николай II с семьёй и приближёнными, в том числе и со Столыпиным, находились в Киеве по случаю открытия памятника Александру II.
1 (14) сентября 1911 года император и Столыпин присутствовали на спектакле «Сказка о царе Салтане» в киевском городском театре. На тот момент у начальника охранного отделения Киева была информация о том, что в город прибыли террористы с целью совершить нападение на высокопоставленного чиновника, а возможно, и на самого царя. Информация была получена от секретного осведомителя Дмитрия Богрова. Оказалось, однако, что покушение задумал сам Богров. По пропуску, выданному начальником Киевского охранного отделения, он прошёл в городской оперный театр, во время второго антракта подошёл к Столыпину и дважды выстрелил: первая пуля попала в руку, вторая — в живот, задев печень. После ранения Столыпин перекрестил царя, тяжело опустился в кресло и произнёс: «Счастлив умереть за Царя».
Последующие дни прошли в тревоге, врачи надеялись на выздоровление, но 4 сентября вечером состояние Столыпина резко ухудшилось, и около 10 часов вечера 5 сентября он скончался.
В первых строках вскрытого завещания Столыпина было написано: «Я хочу быть погребённым там, где меня убьют». Указание Столыпина было исполнено: 9 сентября Столыпин похоронен в Киево-Печерской лавре.